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 | Acceso al texto completo restringido a Biblioteca INIA Las Brujas. Por información adicional contacte bibliolb@inia.org.uy. |
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
14/09/2023 |
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Actualizado : |
14/09/2023 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
GIORELLO, F.M.; FARIAS, J.; BASILE, P.; BALMELLI, G.; DA SILVA, C.C. |
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Afiliación : |
FACUNDO M. GIORELLO, Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay; JOAQUINA FARIAS, Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay; PATRICIA BASILE, Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Urugu; GUSTAVO DANIEL BALMELLI HERNANDEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CECILIA CORINA DA SILVA, Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay. |
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Título : |
Evaluating the potential of XP-GWAS in Eucalyptus: Leaf heteroblasty as a case study. |
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Fecha de publicación : |
2023 |
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Fuente / Imprenta : |
Plant Gene. December 2023, Volume 36, article 100430. https://doi.org/10.1016/j.plgene.2023.100430 |
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ISSN : |
2352-4073 |
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DOI : |
10.1016/j.plgene.2023.100430 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received 3 February 2023, Revised 24 July 2023, Accepted 11 August 2023, Available online 22 August 2023, Version of Record 31 August 2023. -- Correspondence: Giorello, F.M.; Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay; email:facundo.giorello@cut.edu.uy -- FUNDING: This work was supported by grant of the Ministerio de Educación y Cultura, Uruguay (Fondo Vaz Ferreira 173, DICyT, MEC). -- |
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Contenido : |
ABSTRACT.- Eucalyptus is one of the mainstays of the forest industry, contributing high-quality raw materials for pulp, paper, wood, and energy production. The typical approaches to reveal the genetic basis of important traits include classical Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and Genome-Wide Association Studies (GWAS) approaches, but these are typically expensive and time-consuming. Here we evaluate the potential of Extreme-Phenotype GWAS (XP-GWAS) to identify candidate genes underlying a quantitative trait in Eucalyptus, using the timing of leaf heteroblasty as a case study. XP-GWAS involves genotyping pools of individuals grouped by extreme and opposed phenotypes from a population or a diversity panel and studying their allele frequency. Using a previous phenotyped trial of E. globulus, we sequenced pools of 50 individuals that notably differ in the onset of adult foliage. Since the genetic basis of heteroblasty is well understood, we first searched for previously identified genes. Secondly, we searched for new candidate genes and also evaluated the copy number variation (CNVs) that may be involved in this process. We found marginally significant SNPs associated with previously described microRNAs, and interesting new non-coding RNAs. Disease resistance genes were also uncovered, probably as a consequence of indirectly selecting resistant trees, although a possible interaction between resistance and heteroblasty cannot be disregarded either. Our work shows the utility and limitations of XP-GWAS analysis to explore the genetic basis of Eucalyptus. © 2023 Elsevier B.V. MenosABSTRACT.- Eucalyptus is one of the mainstays of the forest industry, contributing high-quality raw materials for pulp, paper, wood, and energy production. The typical approaches to reveal the genetic basis of important traits include classical Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and Genome-Wide Association Studies (GWAS) approaches, but these are typically expensive and time-consuming. Here we evaluate the potential of Extreme-Phenotype GWAS (XP-GWAS) to identify candidate genes underlying a quantitative trait in Eucalyptus, using the timing of leaf heteroblasty as a case study. XP-GWAS involves genotyping pools of individuals grouped by extreme and opposed phenotypes from a population or a diversity panel and studying their allele frequency. Using a previous phenotyped trial of E. globulus, we sequenced pools of 50 individuals that notably differ in the onset of adult foliage. Since the genetic basis of heteroblasty is well understood, we first searched for previously identified genes. Secondly, we searched for new candidate genes and also evaluated the copy number variation (CNVs) that may be involved in this process. We found marginally significant SNPs associated with previously described microRNAs, and interesting new non-coding RNAs. Disease resistance genes were also uncovered, probably as a consequence of indirectly selecting resistant trees, although a possible interaction between resistance and heteroblasty cannot be disregarded either. Our work shows the utili... Presentar Todo |
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Palabras claves : |
Heteroblasty; MiR156; SISTEMA FORESTAL - INIA; XP-GWAS. |
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Thesagro : |
EUCALYPTUS GLOBULUS. |
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Asunto categoría : |
K01 Ciencias forestales - Aspectos generales |
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Marc : |
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520 $aABSTRACT.- Eucalyptus is one of the mainstays of the forest industry, contributing high-quality raw materials for pulp, paper, wood, and energy production. The typical approaches to reveal the genetic basis of important traits include classical Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and Genome-Wide Association Studies (GWAS) approaches, but these are typically expensive and time-consuming. Here we evaluate the potential of Extreme-Phenotype GWAS (XP-GWAS) to identify candidate genes underlying a quantitative trait in Eucalyptus, using the timing of leaf heteroblasty as a case study. XP-GWAS involves genotyping pools of individuals grouped by extreme and opposed phenotypes from a population or a diversity panel and studying their allele frequency. Using a previous phenotyped trial of E. globulus, we sequenced pools of 50 individuals that notably differ in the onset of adult foliage. Since the genetic basis of heteroblasty is well understood, we first searched for previously identified genes. Secondly, we searched for new candidate genes and also evaluated the copy number variation (CNVs) that may be involved in this process. We found marginally significant SNPs associated with previously described microRNAs, and interesting new non-coding RNAs. Disease resistance genes were also uncovered, probably as a consequence of indirectly selecting resistant trees, although a possible interaction between resistance and heteroblasty cannot be disregarded either. Our work shows the utility and limitations of XP-GWAS analysis to explore the genetic basis of Eucalyptus. © 2023 Elsevier B.V.
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Clasificación
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Cutter
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Registro
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Volumen
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Estado
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha actual : |
21/02/2014 |
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Actualizado : |
15/03/2021 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Nacionales |
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Circulación / Nivel : |
B - 2 |
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Autor : |
PERAZA, P.; RINCÓN, G.; RAVAGNOLO, O.; DALLA RIZZA, M.; KELLY, E. |
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Afiliación : |
PABLO PERAZA DOS SANTOS, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Uruguay; Animal Science Department, Universidad de California. Davis, USA; OLGA RAVAGNOLO GUMILA, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Uruguay; MARCO DALLA RIZZA VILARO, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Uruguay; ELENA LUCIA KELLY AMARO, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Uruguay. |
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Título : |
Desarrollo de un multiplex de microsatélites para diagnóstico de paternidad en ovinos Corriedale del Uruguay. [Development of a microsatellite multiplex for
paternity testing in Uruguayan Corriedale sheep.] |
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Fecha de publicación : |
2013 |
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Fuente / Imprenta : |
Agrociencia Uruguay, 2013, vol.17, no.1, p.114-119. |
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ISSN : |
1510-0839 |
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Idioma : |
Español |
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Contenido : |
RESUMEN
En el Uruguay la raza Corriedale representa el 70% del stock ovino, por lo cual es importante garantizar la exactitud al realizar un diagnóstico de paternidades mediante tipificación de ADN, con el fin de asistir a los registros genealógicos y a los programas de selección para las características de importancia económica realizados en dicha raza. En el presente trabajo se desarrolló un multiplex de 10 microsatélites (Short Tandem Repeats, STR) recomendados del panel de la ISAG (International Society of Animal Genetics). Con este multiplex se analizó una población de 156 ovinos de la raza Corriedale del Uruguay. El objetivo del presente trabajo fue evaluar dicho multiplex de acuerdo a variabilidad genética de las frecuencias alélicas para la asignación de progenitores mediante los valores de su Probabilidad de Exclusión (PE). Los STR presentaron una variabilidad relativamente alta de acuerdo al Índice de Heterocigosidad promedio (HObs=0,661), al número de alelos observados (N=8,6) y al Contenido de Información Polimórfica (PIC=0,614). Se observó en cuatro de los 10 STR utilizados (FCB20, TGLA53, MCM527 y MCM130) una pérdida de equilibrio Hardy-Weinberg debido a la disminución significativa de heterocigotos, con la consiguiente reducción de variabilidad genética. Como consecuencia la Probabilidad de Exclusión combinada en dicha población presentó un valor de 0,960. Concluimos que para mejorar la certeza en el diagnóstico de paternidad se podría incluir un mayor número de STR en el multiplex, dada la baja variabilidad genética presente en los padres. MenosRESUMEN
En el Uruguay la raza Corriedale representa el 70% del stock ovino, por lo cual es importante garantizar la exactitud al realizar un diagnóstico de paternidades mediante tipificación de ADN, con el fin de asistir a los registros genealógicos y a los programas de selección para las características de importancia económica realizados en dicha raza. En el presente trabajo se desarrolló un multiplex de 10 microsatélites (Short Tandem Repeats, STR) recomendados del panel de la ISAG (International Society of Animal Genetics). Con este multiplex se analizó una población de 156 ovinos de la raza Corriedale del Uruguay. El objetivo del presente trabajo fue evaluar dicho multiplex de acuerdo a variabilidad genética de las frecuencias alélicas para la asignación de progenitores mediante los valores de su Probabilidad de Exclusión (PE). Los STR presentaron una variabilidad relativamente alta de acuerdo al Índice de Heterocigosidad promedio (HObs=0,661), al número de alelos observados (N=8,6) y al Contenido de Información Polimórfica (PIC=0,614). Se observó en cuatro de los 10 STR utilizados (FCB20, TGLA53, MCM527 y MCM130) una pérdida de equilibrio Hardy-Weinberg debido a la disminución significativa de heterocigotos, con la consiguiente reducción de variabilidad genética. Como consecuencia la Probabilidad de Exclusión combinada en dicha población presentó un valor de 0,960. Concluimos que para mejorar la certeza en el diagnóstico de paternidad se podría incluir un mayor número... Presentar Todo |
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Thesagro : |
BIOTECNOLOGIA; OVINOS; PRODUCCION ANIMAL; PRODUCCIÓN ANIMAL Y PASTURAS; RAZAS; URUGUAY. |
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Asunto categoría : |
L10 Genética y mejoramiento animal |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/1181/1/128221080713101907.pdf
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Marc : |
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260 $c2013
520 $aRESUMEN En el Uruguay la raza Corriedale representa el 70% del stock ovino, por lo cual es importante garantizar la exactitud al realizar un diagnóstico de paternidades mediante tipificación de ADN, con el fin de asistir a los registros genealógicos y a los programas de selección para las características de importancia económica realizados en dicha raza. En el presente trabajo se desarrolló un multiplex de 10 microsatélites (Short Tandem Repeats, STR) recomendados del panel de la ISAG (International Society of Animal Genetics). Con este multiplex se analizó una población de 156 ovinos de la raza Corriedale del Uruguay. El objetivo del presente trabajo fue evaluar dicho multiplex de acuerdo a variabilidad genética de las frecuencias alélicas para la asignación de progenitores mediante los valores de su Probabilidad de Exclusión (PE). Los STR presentaron una variabilidad relativamente alta de acuerdo al Índice de Heterocigosidad promedio (HObs=0,661), al número de alelos observados (N=8,6) y al Contenido de Información Polimórfica (PIC=0,614). Se observó en cuatro de los 10 STR utilizados (FCB20, TGLA53, MCM527 y MCM130) una pérdida de equilibrio Hardy-Weinberg debido a la disminución significativa de heterocigotos, con la consiguiente reducción de variabilidad genética. Como consecuencia la Probabilidad de Exclusión combinada en dicha población presentó un valor de 0,960. Concluimos que para mejorar la certeza en el diagnóstico de paternidad se podría incluir un mayor número de STR en el multiplex, dada la baja variabilidad genética presente en los padres.
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700 1 $aKELLY, E.
773 $tAgrociencia Uruguay, 2013, vol.17, no.1, p.114-119.
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INIA Las Brujas (LB) |
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